מחלקת קבורה מפעילת חברא קדישא אשקלון בניהולו של מר אלי יפרח עומדת בסטנדרט גבוה ביותר בתחום שרותי הקבורה, ומבקשת להקל עד כמה שניתן על המשפחות שאיבדו את יקיריהן ולהביאם לקבורה על-פי ההלכה היהודית ומנהגי ישראל.
החברה קדישא פועלת ב-3 בתי עלמין בעיר:
- בבית העלמין הצפוני (הישן) – בית עלמין הזה סגור לקבורה, רק אנשים שרכשו בעבר רשאים להיקבר בו.
- בית העלמין הדרומי (חדש) שבו מתרכזת הפעילות היום יומית.
- בית העלמין לחסרי דת (גויים) שממוקם בבית העלמין הדרומי.
כמו כן ח"ק אחראית על כל נושא הגניזה בעיר של כתבי קודש וכו'.נגישות בתי העלמין: יש חניית נכים, נגישות מהחניה לחדר הספדים ולחקות קבורה, בית שימוש נגיש.
